کاربردهای pcr

PCR:

به طور کلی Polymerase Chain Reaction (PCR) به روش ازدیاد مقادیر جزیی DNA یا RNA (ازدیاد RNA با روش RT-PCR امکان پذیر است) تا حد مشاهدهء آنها توسط روش های ساده و رایج آزمایشگاهی اطلاق می شود. قابلیت PCR در ازدیاد اسیدهای نوکلئیک موجود در نمونه مورد آزمایش موجب شناسایی سریع و اختصاصی نوع سلول یا میکروارگانیسم مورد نظر در نمونه مذکور می گردد که این ویژگی علاوه بر بکارگیری PCR در تشخیص آزمایشگاهی بیماریها شناسایی انواع سلولها، آنرا به عنوان ابزاری مطمئن و حساس در زمینه پژوهش های علمی مطرح می سازد.

از زمان معرفی PCR در سال 1985، بکارگیری آن در تحقیقات بیولوژیکی پایه و کاربردی موجب ایجاد تغییرات اساسی گردیده است. PCR یکی از جدیدترین تکنولوژی های آزمایشگاهی است که در تشخیص بیماریهای عفونی، پزشکی قانونی و ناهنجاریهای ژنتیکی مورد استفاده و توجه قرار گرفته است. در خصوص کارآیی این روش در تشخیص به عنوان مثال می توان تقلیل مدت زمان تشخیص آزمایشگاهی اختصاصی باسیل سل در نمونه های کلینیکی را از 7-6 هفته به 7-6 ساعت حتی با وجود تعداد اندک باسیل در نمونهء آزمایشگاهی ذکر کرد. از نکات جالب توجه دیگر اینکه با استفاده از تکنیک حساس PCR ، DNA میکروارگانیسم هایی نظیر باسیل جذام و باسیل سل از نمونه های باستانی با قدمت بیش از 1000 سال شناسایی و جدا گردیده است که نتایج حاصله گامی مهم در راه شناخت و مطالعه بیش از پیش تاریخچه علم پزشکی بوده ضمن آنکه این موفقیت توانسته است راهگشای ایجاد شاخه های دیگری از علوم نظیر پالئوباکتریولوژی باشد.

کاربردهای PCR :

تکنیک PCR کاربردهای نا محدودی در عرصه های مختلف زیست مولکولی دارد ، علت اصلی این امر این است که DNA الگوی بکار رفته در PCR را می توان از منابع مختلف تامین کرده و مورد استفاده قرار داد .

بطور کلی PCR به دو منظور اصلی بکار می رود :

1 – تهیه ی  نسخه های متعدد از یک ژن

2 – بررسی حضور یا عدم حضور یک ژن خاص در یک قطعه DNA

· تهیه ی نسخه های متعدد از یک ژن :

برای این کار بجای اینکه هر دو پرایمر مورد نیاز برای PCR را به یک میزان به محیط واکنش اضافه کنند ، یکی از پرایمر ها را به تعداد کمتر پرایمر دیگر را به تعداد بیشتر اضافه می کنند . در هنگام انجام PCR ، در ابتدا هر دو رشته با هم همانند سازی می کنند ولی پس از تمام شدن یکی از پرایمر ها فقط رشته دیگر که هنوز پرایمر آن وجود دارد ساخته می شود و به همین دلیل نسخه های بیشتری از این رشته بوجود می آید. پس از پایان PCR چند نسخهDNA دو رشته ای از ژن مورد نظر ایجاد خواهد شد که می توان به طور مستقیم در روش سانجر بکار برد .

مثال دیگری از کاربردهای PCR بررسی پیوستگی ژنها و تعیین فاصله ی بین ژنها بر روی کروموزومهای انسان است . در ژنتیک برای تعیین فاصله ی بین ژنها از بررسی تعداد نوترکیبها به نسبت فنوتیپ والدین استفاده می شود . این روش برای مگس سرکه که زادآوری آن در هر نسل بسیار زیاد و دوره ی رشد آن نیز کوتاه است به راحتی قابل انجام است ولی در مورد انسان که زاده های آن در هر نسل بسیار محدود و با فاصله ی زمانی زیاد می باشد ، این بررسی هابه سختی و با محدودیت بسیار انجام می گیرد . ولی امروزه دانشمندان با استفاده از PCR روش جدیدی را برای این کار پیدا کرده اند . برای این کار از بررسی آللهای موجود در یک اسپرم استفاده می شود . از آنجائیکه اسپرمها هاپلوئید بوده و در هر اسپرم از هر کروموزوم یک عدد وجود دارد ، با بررسی همزمان دو ژن بر روی یک کروموزوم و تعیین میزان نوترکیبی بین این دو ژن می توان فاصله ی ژنتیکی بین دو ژن را تعیین کرد . در واقع از نظر ژنتیکی بررسی 1000 اسپرم با بررسی 1000 فرزند یک خانواده برابر است . با استفاده از این روش ثابت شده است که میزان نوترکیبی کروموزومها در مردها با میزان نوترکیبی در زنها متفاوت است .

·    بررسی حضور یا عدم حضور یک ژن خاص در مخلوطی از DNA :

به جرات می توان گفت که این کاربرد دوم PCR مهمترین کاربرد آن و علت اصلی

گسترش روزافزون آن در کلیه ی شاخه های علوم زیست مولکولی است . تعدادی از این کاربردها عبارتند از :

الف ) تشخیص قبل از تولد بیماریهای ژنتیکی :

در این روش تعدادی از سلولهای جنین را استخراج کرده و با پرایمر اختصاصی برای یک ژن بیماری مجاور می کنند ، همچنین بطور جداگانه با پرایمر ژن سالم نیز مجاور می کنند وPCR انجام می دهند . پس از پایان PCR تفسیر آزمایش چنین خواهد بود : اگر در هردو لوله سنتز DNA انجام شود ، جنین یک ژن سالم و یک ژن بیمار دارد یعنی حامل است ولی بیمار نیست . اگر سنتز DNA فقط در لوله ای که شناساگر مخصوص ژن بیمار وجود دارد انجام شود جنین بیمار است و باید سقط شود . اگر سنتز DNA فقط در لوله ای که حاوی شناساگر ژن سالم است انجام شود ، جنین کاملاَ سالم است .

امروزه بسیاری از بیماریهای ژنتیکی مانند هموفیلی ، کم خونی داسی شکل ، سیستیک فیبروزیز (Cystic Fibrosis ) ، تالاسمی ، سندرم لش – نیهان ، دیستروفی عضلانی دوشن ، فاویسم ، فنیل کتون اوری و غیره را می توان به کمک PCR تشخیص داد.

ب ) تعیین جنسیت جنین :

برای این کار تعدادی از تخمک های زن را خارج می کنند و در شرایط آزمایشگاهی با اسپرمها آمیزش می دهند و هر یک از سلولهای تخم تشکیل شده را بطور جداگانه کشت می دهند تا اینکه جنین به مرحله ی 10 سلولی برسد . سپس از هر جنین یک سلول را جدا کرده و همراه با پرایمرهای اختصاصی برای کروموزوم y در لوله PCR وارد می کنند.سپس PCR و در پایان الکتروفورز انجام می شود . در هر یک از لوله ها که جنین نر ( یعنی کروموزومy ) وجود داشته باشد ، سنتز DNA صورت می گیرد و در لوله ی دیگر نه . حال جنسیت تمامی جنین ها مشخص می باشد و می توان به اختیار خود پسر یا دختر را انتخاب کرده و جنین مورد نطر را به مادر انتقال داد . امروزه تکنیک فوق علاوه بر تعیین جنسیت برای خانواده هایی که در معرض خطر بیماریهای وابسطه به X ( مانند هموفیلی ) هستند نیز استفاده می شود . به این صورت که جنین ها ی اولیه را از نظر وجود ژن بیمار با استفاده از پرایمر اختصاصی  آن مورد بررسی قرار می دهند و جنین سالم را به مادر منتقل می کنند .

شاید باورنکردنی باشد که تمامی مراحل بالا یعنی استخراج تخمک از مادر ، لقاح ، تکثیر ،PCR و انتقال مجدد به مادر در مدت زمان یک روز قابل انجام است .

راه دیگر تعیین جنسیت جنین استفاده از خون مادر است . در طی دوران بارداری مقداری از سلولهای جنین وارد خون مادر می شوند . حال اگر PCR برای قطعه ی    DYZl ( در حدود 5000 نسخه از این قطعه بر روی کروموزوم y قرار دارد ) بر روی خون مادر انجام شود و جواب مثبت باشد چون مادر کروموزوم y ندارد پس این ژن مربوط به کروموزوم y جنین است و جنس جنین نر تعیین می شود .

·         بررسی عفونت های باکتریایی و ویروسی :

هم اکنون در بعضی از آزمایشگاهها از PCR برای تشخیص ایدز استفاده می کنند. برای این کار از خون محیطی نمونه گیری می کنند و از توالی های اختصاصی ویروس HIV نیز به عنوان شناساگر استفاده می کنند ، سنتز DNA نشان دهنده ی عفونت ایدز است.

استفاده دیگر PCR در تشخیص بیماری سل می باشد . مایکوباکتریوم توبرکلوزیس یک باکتری بسیار کند رشد است و رشد معمولی آن در آزمایشگاه حدود 20 روز طول می کشد. در PCR بیماری سل از نمونه ی خلط فرد بیمار به همراه پرایمرهایی که برای توالی خاص مایکوباکتریومهای مکمل می باشند ، مورد استفاده قرار می گیرد . پس از انجام PCR قطعات DNA بدست آمده در مجاورت شناساگرهای اختصاصی برای سوشهای مختلف مایکوباکتریومها قرار می گیرد و به این صورت گونه و سوش آن تشخیص داده می شود .

·         تشخیص جهش ها و سرطان ها :

در هر سلول معمولاَ از یک ژن فقط یک نسخه وجود دارد ، و در صورتی که این ژن دچار جهش شود بررسی این جهش بسیار مشکل خواهد بود ، زیرا در سلولهای انسان پیدا کردن یک ژن در میان کل ژنوم انسان ، همانند پیدا کردن سوزن در انبار کاه خواهد بود و پس از پیدا کردن ژن جهش یافته نیز به دلیل محدودیت نسخه های این ژن بررسی کمیت و کیفیت جهش در آن مشکل خواد بود .

ولی امروزه PCR کار را بسیار راحت نموده است . کافی است که یک سالم و یک سلول جهش یافته بطور جداگانه برای یک ژن خاص تحت PCR  قرار گیرند و محصولات حاصل با هم مقایسه شوند . به این ترتیب به راحتی می توان محل جهش ، نوع جهش و هر نوع اطلاعات لازم دیگر را به دست آورد .

استفاده دیگر PCR در بررسی مراحل درمانی سرطان می باشد . داروهای مورد استفاده در درمان سرطان داروهای سیتوتوکسیک می باشد که عوارض جانبی بسیار زیادی به همراه دارند. به همین دلیل نیز سرطان شناسان مایل اند که از مراحل بهبودی سرطان اطلاع داشته باشند تا به محض از بین رفتن سلول بدخیم درمان را متوقف نمایند ، ولی در صورتی که بهبودی کامل حاصل نشده باشد ، احتمال عود مجدد بیماری وجود خواهد داشت. با استفاده ازPCR دقت تعیین سلولهای سرطانی بسیار بالا می رود که اهمیت آن ناگفته پیداست و به همین دلیل PCR منفی را می توان به معنای بهبودی کامل در نظر گرفت .

·         تعیین توالیهای کروموزومی انسان در سلولهای هیبریدی ( هتروکاریونها ) :

یکی از تکنیکهای بررسی ژنوم انسان ، تلفیق ( هیبرید کردن ) هسته های سلولهای انسانی با سلولهای حیوانات دیگر مثلاَ موش است . پس از انجام تلفیق دو هسته ، کروموزومهای انسان به تدریج حذف می شوند ، تا اینکه نهایتاَ یک کروموزوم در درون هسته هیبریدی باقی می ماند . حال گاهی به منظور بررسی های بیشتر لازم می شود که این قسمتهای ژنوم انسان تکثیر شوند ، مثلاَ وقتی که یک ژن خاص مورد بررسی قرار می گیرد . برای این کار ازنوع خاصی از PCR که به Alu-PCR معروف است استفاده می شود.

در این روش از پرایمرهایی استفاده می شود که مکمل توالیهای بسیار تکراری ژنوم ها می باشد ، این توالی های 300 جفت بازی که گاهی تا 900000 بار در ژنوم انسان و دیگر پستانداران تکرار می شود را تکرارهای Alu می نامند . این توالی ها بسیار متغیر می باشند ولی در انسان قسمتی از این توالی ها اختصاصی و ثابت است و به همین دلیل به راحتی می توان از آن برای تکثیر قطعات DNA که بین دو تکرار توالی Alu قرار دارند استفاده کرد . سپس این DNA را می توان خارج نمود و از نظر نوع پروتئین مورد سنتز و یا تعیین توالی و غیره مورد بررسی قرار داد . مهمترین استفاده روش فوق تعیین مکان ژنتیکی ژنهای مختلف برروی کروموزومهای انسان است که تا قبل از این روش تقریباَ

نا ممکن ویا بسیار مشکل بود .

·         مشکلات PCR :

با تمامی مزیت های فوق PCR مشکلات خاص خود را دارد . مهمترین مشکل PCR آلودگی نمونه های مورد بررسی است . به دلیل حساسیت فوق العاده و قدرت تکثیر زیاد PCR هر قطعه DNA خارجی که وارد محیط PCR شود ، مورد تکثیر قرار گرفته و نتایج عجیب و دور از واقعیتی به وجود خواهد آورد . برای مثال در مورد تحقیقی که در تعیین جنسیت با استفاده از خون مادران باردار بیان شد ، در بین جوابها یک مورد مثبت کاذب برای یکی از زنان غیر باردار که به عنوان شاهد منفی استفاده شده بود ، وجود داشت . پس از بررسی معلوم شد که تعداد ناچیزی از سلولهای پوست یکی از کارکنان مرد آزمایشگاه وارد لوله یPCR شده است . گاهی نیز باقیمانده ی قطعات DNA حاصل از تکثیر DNA های قبلی باعث آلودگی PCR می شود که در این مورد شستشوی زیاد و دقیق مشکل گشا است .